Le suivi de M. Flimm au Met, une production de 2004 de « Salomé » qui était un véhicule pour la soprano finlandaise Karita Mattila, était plus polarisant. Dans sa critique pour le New York Times, Anthony Tommasini a noté que M. Flimm avait reçu des huées bruyantes lors de la soirée d’ouverture. Mais, a-t-il noté, « les bravos l’ont emporté, et à juste titre ».
En 2005, M. Flimm est devenu directeur artistique de la Ruhrtriennale, un festival d’arts multidisciplinaires dans la ceinture de rouille de l’Allemagne. Il est resté un été supplémentaire après son contrat de trois ans après que son successeur désigné, la directrice de théâtre allemande Marie Zimmermann, se soit suicidée en avril 2007.
Son séjour là-bas coïncide avec le début de sa direction artistique au Festival de Salzbourg, où il avait auparavant été directeur du théâtre de 2002 à 2004. Au cours de son premier été, il commande une nouvelle mise en scène de «Jedermann», la pièce de moralité qui est la plus ancienne tradition du festival, du jeune réalisateur bavarois Christian Stückl. La production a été un succès et est restée un pilier du festival pendant une douzaine d’années.
M. Flimm est monté à la direction du festival en 2007. C’était une période tumultueuse : Gérard Mortier avait pris le festival dans une direction radicalement nouvelle tout au long des années 1990, et après son départ en 2001, il avait eu du mal à conserver un directeur artistique.
Les quatre saisons que M. Flimm a passées en tant que leader de Salzbourg ont été considérées comme un succès artistique, mais il a clairement indiqué qu’il n’était pas intéressé à rester à long terme. En 2008, il a annoncé qu’il quitterait ses fonctions à la fin de son mandat pour diriger l’Opéra d’État de Berlin.
En septembre 2010, peu après l’arrivée de M. Flimm à Berlin, quatre bateaux à vapeur ont navigué sur la rivière Spree, transportant 500 membres de la compagnie d’opéra vers l’ouest jusqu’au théâtre Schiller, où elle prévoyait de passer trois saisons pendant rénovations de sa maison historique. Au lieu de cela, la construction a traîné pendant sept ans.
